继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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穆德假死，斯卡利当妈，旧式B级电影般的小镇，吸血鬼新编，“孤独枪手帮”起源等集当真出色，但本季最精彩的地方还是二人组立场的往复转变，展现了极富动态的人物形象。
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没有人注意到片头越来越短么。。。。
这季结尾蛮昂三的，感觉就是因为剧组下季要从vancouver搬到la就故意一把火把棚烧了。。。方便也！
这季关于scully女儿的几集都好无聊。。。但是细细碎碎的糖点很多，两个人都变活泼了，最后一集s开始吃醋嘿嘿。
中间Mulder和Scully怎么还立场倒转了，喜欢轻松的那几集（E10、E12），最后的神童故事也期待如何发展了
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